材料科學與工程學系於八十六學年度成立研究所碩士班，八十九學年度成立大學部，九十一學年度成立研究所博士班。師資由5位增加到目前11位專任教師，學生人數由15位增加到目前約260位。

歷任系主任及所長
　　翁明壽：東華大學材料科學與工程研究所 所長(1997.08-2000.07)
　　翁明壽：東華大學材料科學與工程學系 系主任 (2000.08-2002.07)
　　郭東昊：東華大學材料科學與工程學系 系主任 (2002.08-2006.07)
　　何清華：東華大學材料科學與工程學系 系主任 (2006.08-2008.07)
　　魏茂國：東華大學材料科學與工程學系 系主任 (2008.08-2011.07)
　　陳怡嘉：東華大學材料科學與工程學系 系主任 (2011.08-2017.07)
　　傅彥培：東華大學材料科學與工程學系 系主任 (2017.08-2023.07
       陳素華：東華大學材料科學與工程學系 系主任 (2023.08-迄今)